1821 m. parapijai atiteko vienuolyno turtas. 1836 m. vienuolynas buvo šiek tiek suremontuotas. Dar kartą vienuolynas buvo remontuojamas tik 1939 m. Nuspręsta vienuolyne įrengti turizmo stotį. Tačiau ką tik suremontuotas Liškiavos dominikonų vienuolynas virto Lenkijos pabėgėlių stovykla. Bolševikai vienuolyną nusavino 1941 m. vasario 1d. To nebuvo padariusi nei viena valdžia. Po Antrojo pasaulinio karo nuo 1947 m. iki 1976 m. vienuolyne buvo įsikūrusi vidurinė mokykla.
Nuo 1989 m. iki 2013 m. Liškiavoje klebonavo kanauninkas Valius Zubavičius. Per tuos metus bažnyčia ir vienuolyno pastatai buvo restauruoti ir virto tikra grožio bei meno šventove. Kanauninkas Valius Zubavičius, ypatingo talento dvasininkas, prikėlė šią šventovę naujam, mūsų dienų, gyvenimui.
„Man teko galimybė prisiliesti prie praeities, kurti dabartį ir palikti ateities kartoms savo darbų istoriją“, – šiuos žodžius kanauninkas V. Zubavičius ištarė įgyvendinęs paskutinį savo užsibrėžtą tikslą Liškiavoje – 2012 m. atstatęs šeimyntrobę. 2013 m. kanauninkas atsisveikino su Liškiava. Jis buvo iškeltas į Kauno Aleksoto šv. Kazimiero parapiją.
Nuo 1999 m. dalis ansamblio pastatų perduota viešajai įstaigai „Liškiavos kultūros centras“. Šios įstaigos pagrindiniai veiklos tikslai: rengti ir įgyvendinti kultūros, švietimo, meno plėtojimo, turizmo vystymo programas.
Viso šio ansamblio dominantė ir puošmena – Švč. Trejybės bažnyčia, nuostabus vėlyvojo baroko statinys. Bažnyčioje išlikę paminkliniai 1899 m. vargonai, pagaminti Varšuvoje lenkų meistro Šimanskio. Jie pastatyti vyskupo A. Baranausko vizitacijos garbei. Šiais vargonais 1899 m. grojo K. Čiurlionis (1851–1914), garsaus menininko M. K. Čiurlionio tėvas.